為了主動適應上海和全國城市軌道交通發展的需要，加快城市軌道交通專業人才的培養，落實科教興國的偉大戰略，2005年，上海工程技術大學與上海地鐵運營有限公司(現上海申通地鐵集團有限公司)充分發揮雙方優勢，建立“產學研戰略合作聯盟”，合作成立了全國第一所專門培養軌道交通專業人才的學院——上海工程技術大學城市軌道交通學院。2005年1月22日，學校與上海地鐵運營有限公司(現上海申通地鐵集團有限公司)共同舉行上海工程技術大學城市軌道交通學院成立暨揭牌儀式，時任校長汪泓和時任上海地鐵運營有限公司周淮總經理代表校企雙方簽訂了全面合作辦學協議，時任上海市副市長嚴雋琪、楊雄出席成立典禮并為學院揭牌。

學院的辦學定位是充分發揮高等教育優勢，主動服務產業經濟，以交通運輸學科群為平臺，以上海申通地鐵集團公司為依托，建立校企產學研戰略合作聯盟，創建“理論＋技術實踐＋新技術在本專業的應用”的人才培養模式，造就一批具有較強分析問題與解決問題能力的城市軌道交通高級工程應用型人才，將學院打造成為新型的城市軌道交通領域工程師人才培養搖籃。

學院目前下設的機構有：理事會，由校長和申通公司董事長擔任理事長，負責學院重大工作的決策；學術委員會，開展學院學科建設的技術咨詢；專業委員會，進行專業建設的技術指導；各系及學辦、院辦、實驗室，執行專業培養計劃實施和日常教學、學生管理等工作。

學院目前下設4個本科專業，分別是：車輛工程（城市軌道交通車輛工程）、軌道交通信號與控制、交通運輸（城市軌道交通運營管理）、交通工程。

2007年，“城市軌道交通車輛工程”專業開始向全國招收碩士研究生，并在2010年與汽車學院車輛工程專業一同正式獲得碩士學位授權二級學科點。2014年學院申報成功交通運輸專業碩士點，并于2015年正式招收專業碩士。

學院在成立的短短十年多的時間內，已為上海地鐵乃至全國其他地鐵公司及相關軌道交通附屬企業培養學生四千余名，畢業生普遍受到各用人單位的好評。學院在專業建設、學科建設、行業服務、校內外實踐基地建設等方面均取得一系列可喜成績，其中包括交通運輸國家級特色專業，第一批、第二批教育部卓越工程師教育培養計劃試點專業（方向），城市軌道交通車輛國家級工程實踐教育中心，上海市實驗示范中心，上海市大學生校外示范實習基地，上海市協同創新中心：軌道交通運營安全檢測與評估服務中心等。

學院機構設置有：

院理事會，由校長和公司總經理擔任理事長，負責學院重大工作的決策；

院學術委員會，開展學院學科建設的技術咨詢；

專業委員會，進行專業建設的技術指導；各系，執行專業培養計劃和日常教學管理。

目前學院設置4個本科專業：

車輛工程(城市軌道交通車輛工程)

軌道交通信號與控制

交通運輸(城市軌道交通運營管理)

交通工程

另有2個專科專業：

城市軌道交通運營管理（2016停招）

城市軌道交通工程技術(通信信號)（2016停招）

學院有實驗室及實習基地10個：

城市軌道交通列車運行自動控制（ATC）仿真實驗室；

城市軌道交通信號技術實驗室；

城市軌道交通故障診斷實驗室；

軌道交通車輛模擬駕駛實驗室；

車輛結構實驗室；

列車制動技術實驗室；

城市軌道交通運營管理實驗室；

城市軌道交通列車模擬運行實驗室；

城市軌道交通通信傳輸技術實驗室；

城市軌道交通工務實驗室

學院突出成果建設成果：

★2012年度成功獲批上海市高校知識服務平臺“軌道交通運營安全檢測與評估服務中心”

★以城市軌道交通專業群為支撐的“交通運輸”專業被列為國家教育部高等學校特色專業建設點

★“城市軌道交通運營工程”被評為校級重點學科和上海市教委重點學科

★“城市軌道交通運營實驗教學中心”獲批“上海市市級實驗教學示范中心”

★城市軌道交通運營管理專業獲批上海市第三期本科教育高地建設項目，車輛工程、通信信號專業為上海市第四期教育高地資助項目

★上海市市屬本科高校校外實習基地重點建設項目

★上海高校示范性校外實習基地建設項目

★“國家級工程實踐教育中心”建設項目

★先后承擔縱向課題46項（總額近700萬），橫向課題36項（總額近600萬），發表論文200余篇（其中核心論文150余篇），三大檢索論文30余篇，完成專業教材或編著15余部，期間先后完成和在研國家自然基金2項

★城市軌道交通學院獲批上海市高水平特色發展項目“現代城市軌道交通運營工程”，給予學院共900萬元的建設經費（學校配套經費950萬元）

★涵蓋城市軌道交通運營管理、車輛工程等方向“工商管理”和“機械工程”一級學科碩士點獲批

★城市軌道交通車輛工程獲批教育部第一批“卓越工程師教育培養計劃”

★電子信息工程(城市軌道交通通信信號) 、交通運輸（城市軌道交通運營管理）2個專業獲批教育部第二批“卓越工程師教育培養計劃”